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Project: Análisis y diseño de algoritmos para problemas complejos en Bioinformática. 
Responsable: Carlos Alberto  Brizuela  Rodríguez
Tipo de proyecto: Proyecto Conacyt
Resumen: ANTECEDENTES.
La Bioinformática se ha convertido en una herramienta fundamental para el desarrollo de la biotecnología, a pesar de esta situación, en México son pocos los grupos de investigación que abordan esta línea de trabajo. Este número de grupos se reduce aún más si nos limitamos a grupos en los departamentos de ciencias de la computación. Existen un gran número de problemas básicos computacionales desafiantes que se derivan al plantear soluciones para problemas en bioinformática. Estos problemas requieren de algoritmos eficientes debido a la complejidad y tamaño de los problemas que se manejan. Desarrollar una capacidad para el diseño e implementación de algoritmos de búsqueda sobre estructuras complejas así como algoritmos para el manejo de dichas estructuras facilitará, en buena medida, poder resolver problemas complejos en Bioinformática.
Este trabajo abordará un problema relacionado con la predicción de estructura de proteínas el cual es modelado como uno de optimización combinatoria. Estudiaremos el problema conocido como "Empaquetamiento de la Cadena Lateral de Proteínas" un subproblema del problema de "Predicción de Estructuras". Este pertenece a la clase de complejidad denominada NP-difícil, una clase que contiene problemas para los cuales no se conoce algoritmo eficiente alguno que lo pueda resolver. A la fecha se han propuestos un gran número de heurísticas para abordar este problema, sin embargo, resultados recientes muestran que estos pueden mejorar en al menos un 10% en precisión. La hipótesis de trabajo es que una heurística que combine de forma adecuada algoritmos bioinspirados con búsqueda local estocástica de vecindario con tamaño variable podrá mejorar el estado del arte en lo referente a calidad de predicción para este problema. Si bien abordamos un solo problema, el análisis y los algoritmos que se propongan podrán ser extendidos a otros problemas similares. A continuación se explica a detalle el problema a ser abordado.
Vigencia: (2012-02-23 - 2015-04-20)

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